一是破壞了動(dòng)物的微生態(tài)平衡。使用抗生素在殺滅病原菌的同時(shí)，也消滅和干擾了動(dòng)物體內(nèi)的有益微生物，引起菌群失調(diào)而引發(fā)各種疾病，并造成條件致病菌過度繁殖而出現(xiàn)定位轉(zhuǎn)移，引起二重感染和內(nèi)源性感染。
二是產(chǎn)生抗藥性。使某些動(dòng)物疾病的治療越來(lái)越不理想。而且創(chuàng)造出許多任何抗生素都無(wú)法消滅的“超級(jí)細(xì)菌”。
三是破壞動(dòng)物生理機(jī)能，使動(dòng)物免疫功能和生產(chǎn)性能下降。
四是藥物在動(dòng)物體內(nèi)及動(dòng)物產(chǎn)品(如肉、蛋、奶)中殘留。
五是通過食物鏈危害人類健康。
六是嚴(yán)重的環(huán)境(水、土壤)污染。